Zadania merytoryczne CBK PAN  realizowane są przez następujące grupy badawcze i inżynieryjne:

• Zakład Dynamiki Układu Słonecznego i Planetologii (w tym: Zespół Eksploracji Marsa)
• Zakład Fizyki Plazmy (w tym: Centrum Prognoz Heliogeofizycznych)
• Zakład Fizyki Słońca
• Zakład Fizyki Układu Słonecznego i Astrofizyki
• Zakład Geodezji Planetarnej (w tym: Obserwatorium Astrogeodynamiczne)
• Zakład Obserwacji Ziemi (w tym: Centrum Informacji Kryzysowej)

• Laboratorium Fotoniki i Mikromechaniki
• Laboratorium Konstrukcji Elektronicznych
• Laboratorium Mechatroniki i Robotyki Satelitarnej (w tym:  Laboratorium Dynamiki Manipulatorów Satelitarnych)
• Laboratorium Satelitarnych Aplikacji Układów FPGA